一八四零年三月二十三日，洪秀全发布总命令，号召各地拜上帝会众到桂平金田村“团营”。一八四零年七月十四日，洪秀全集两万余人在广西金田村正式宣布起义，建号太平天国，与杨秀清、冯云山、萧朝贵、韦昌辉、石达开等组成领导核心。
九月二十日日，洪秀全在武宣东乡自称“天王”，并分封杨秀清为中军主将，萧朝贵为前军主将，冯云山为后军主将，韦昌辉为右军主将，石达开为左军主将。十一月十六日日由东乡突围北上象州，因遭清军堵截，折回金田地区，被包围。一八四一年四月下旬，突围北上攻占永安（蒙山），粉碎清军围攻。太平军在永安一面抗击清军进攻，一面进行军政建设。八月，天王洪秀全封杨秀清为东王，萧朝贵为西王，冯云山为南王，韦昌辉为北王，石达开为翼王，所封各王，俱受东王节制。
轰轰烈烈的太平天国运动，席卷华夏东南大地。
一八四零年七月三十日，清廷六百里加急下令安文学率军东征。同时，洪秀全也送来书信，邀安文学一起起事。安文学立即招来杨秀、黑伯商议对策。
“东面的太平天国闹得轰轰烈烈，我觉得现在正是我们起事的好时机。大土司振臂一呼，云南各地彝族村寨必定纷纷响应，成军十万，容易。”黑伯意气风发，看得出来，太平天国起义让黑伯很兴奋。
“小四，你的看法呢。”安文学显然对黑伯的回答很不满意。
“我觉得不可出兵。”杨秀镇定自若的回答。
“现在正是好时机，清廷忙着应付洪秀全，西南空虚，倘若现在出兵，三个月内，定能占领云贵川，那时候，大土司便可做西南王了。”听了杨秀的回答，黑伯显得有些急躁，连忙向安文学大大说明起事的好处。
“小四，说说不可出兵的原因。”西南王的称号，显然对安文学产生了极大的诱惑，但事关重大，不可不谨慎，安文学还是想听听不可出兵的原因。
“原因很多。第一、子午寨大军刚刚完成重新编组，军火未到，现在是子午寨大军战力最弱的时候，仓促以老旧武器应战，就是应对清廷在云南省内的四万驻军，也是胜负难料；
第二、太平天国运动刚刚兴起，现在虽然声势浩大，但前途未知，清廷这些年虽然失去了民心，但仍旧有大军百万，全国绝大部分地区还在其控制当中，现在清廷的矛头全部对准太平天国，必会放松对云南的控制，我们正好可以趁机整军经武，若大土司现在起事，转瞬之间，您的麾下将会有十数万精兵，举国震动，清廷必然调转矛头，那个时候，我们将承受空前巨大的压力，于我们不利，却有利于洪秀全。
第三、第三、准备不足，贸然起事，我们纵使能占领云贵川三省，数百个州县，如何治理，反观清廷，则有巨大的文官储备，只要有一次反扑成功，便能迅速纳入治理体系。有此三条，我认为，当下之计，我们应当加速整军经武，储备人才，钱粮，而不是贸然起事。”杨秀分析得头头是道。
“醍醐灌顶，醍醐灌顶啊。黑子，别看人家小四年轻，想得却比我们这两个老东西远的多，不能不服啊。”安文学听了杨秀的分析，犹如当头浇了一盆凉水，迅速恢复理智。
“伯父，我的意见，两边都可以答应，但就是不出兵，任谁上门当说客，我们只说大军未成，总之就一个字，拖，只需拖上六个月，等到年底，一万五千新军练成，纵使清廷拿出二十万大军，也对我无可奈何。那个时候，才是我们大展身手的最佳时机。”杨秀说得斩钉截铁。
杨秀心中明白，历史因为自己的到来而发生了巨大的改变，太平天国运动竟然提前十年爆发，而历史的基本规律却不会改变，华夏大地，清廷已经失去人心，太平天国的动静不会小，再过半年，清廷将所有注意力都对准洪秀全的时候，正是起事的最好时机。
从四月到七月，三个月的时间，杨秀做了很多大事。
第一件事情，便是将子午路尽头的矩形坝子，改造成了训练场地。由于杨秀新任了小君长，手上士兵上万，以前的规划的兵营便显得小了，杨秀只得将其改造成打靶场，命名为“万夫营”，对子午寨的军营也进行了简易的扩建和修改，增加了公共厕所和公共浴室，士兵的健康和卫生得到了一定程度的改善。
第二件事情，便是将秀字营的军法扩展到全军，当然也包括了禁酒令，因此被处罚和开除的士兵，竟然占到了全军的五分之一，为了此事，安文学不止一次找过杨秀，纵使如此，杨秀依然坚持。杨修深知，军法一但确立，决不可轻易更改，否则，军不成军。数次的深谈之后，安文学最终还是认可了杨秀的做法，选择了支持。
第三件事情，裁汰老弱，招募新兵，选拔军官。裁汰老弱，杨秀遇到了担任小君和杨秀合计，裁汰的士兵军官，按照等级，每人补贴两年的饷银，整件事情才得以推行下去。
第四件事情，杨秀将原有的编制打散，按照现代军制，从新对整支军队进行编组，新军称号就命名为“子午新军”。新军编制，步兵采用四四制，炮兵采用三三制，将军队编成三个正规团，一个特务营，一个后勤团，每个团下辖三个步兵营，一个炮兵营，还有团机关一个排，总共二千九百人。
后勤团又称作王字团，原来的王字营校尉王铁柱为团长