这段时日李明勋只返回了台北一次，参与了合众国二级战列舰君华号的入列仪式，李明勋错过了其下水仪式，但海军新旗舰的入列他是不能再错过的，除此之外，李明勋一直呆在福州，期间以永历皇帝的名义限制了郑藩的实力。
在郑成功开藩之下，先后设立的六部堂官等行政机构，事实上形成了东南小朝廷，如今郑藩兵败，在李明勋的武力压迫之下，郑成功只得屈服，小朝廷的框架直接取消，政令自滇京出，军令由李明勋掌握，六部废立之后，郑藩的藩下地只剩下了舟山群岛，李明勋授意马吉翔，直接建了一个舟山县，又把郑藩的另外一块理论上的藩地琉球进行了改制，问罪琉球王‘一国两属’和求封满清之罪，废为庶民，改为大明琉球府，并且代管舟山县，如此，郑藩名义一府一县，实际只有一县之藩地，实力大大不如以往。