而第三阶段则是大规模的迁徙行动，海军和陆战队在海洋岛要塞到潮州府长达三万里的海岸沿线占据了大小岛屿七十多座，囤积帐篷、粮食和其他生活物资，特别是在福建与山东沿海，这两处地域已经基本解除了清军的海上威胁，除了外海囤积物资之外，还向沿海的城镇和村落公布所有据点的位置，供其逃亡。
而配合第三阶段的便是大规模的特赦和奖励，尤其针对的是绿营将领和沿海士绅，在飓风计划中，李明勋签署了上万份特赦令，发给沿海数省的士绅，持有特赦令的士绅只要抵达沿海据点，就能保证人员和财产安全，不再追究其在满清占领区所作所为的法律责任，给予其准国民待遇，无论其本人和直系亲属是否曾经在满清朝廷为官、参与满清科举，只要在飓风计划期间抵达据点，便是免去一切罪责，而能率众来投、斩杀鞑官鞑将者，还可以得到奖励，而西蒙斯为了提升这些沿海士绅反抗意志，还开创了‘报销制度’。
所谓报销制度就是为在飓风计划中为反抗军提供物资的士绅提供对等的回报，比如松江华亭徐氏，听闻张世华反正之后便上门联络，得闻迁界禁海，其麾下田宅祖祠更是在迁界范围，徐氏家老收拾家中金银细软，退入拓林镇中，其家中所存米粮布匹一时带不走，便是全部交由了拓林镇张世华部，张世华派兵转运，共得米粮一万四千石，布匹丝绸七千匹，还有盐、铁等军用物资，北洋战区派人点验之后，开具报销单据，徐氏家老退去台北之后，持单据向台北战略储备库支用水稻两万石，麻布一万匹，另外货物，以现银两千三百元补足。
报销制度能保证士绅可以毫不担心的用家财支持合众国指定的三十余支反抗军，所费家财可以得到全部或部分官方报销，这总比士绅付之一炬或者为满清所用的好。
到了永历九年的四月中旬，飓风计划的物资准备和人员配备已经基本到位，这个时候，合众国方面坐等满清朝廷进行迁界禁海，而满清朝廷倒是有些不知所措，在无钱无粮的情况下，能厉行禁海的唯一倚仗就是沿海的兵马，但此时绿营与八旗貌合神离，各省多有大规模反叛的情况下，满清朝廷已经信心不足。
五月末，北京的福临终于下定了决心，迁界禁海，首先便是笼络沿海的绿营官兵，为其在内陆安排新的汛地，以免威胁其根本利益，在这基础上，绿营的态度逐渐松动，剑拔弩张的局势缓和，绿营家属成为第一批迁界的百姓，让沿海千万绅民真正认识到，迁界禁海已成事实，但绅民仍在观望，特别是沿海的士绅，他们在观望安置和保障了绿营的朝廷如何保证自己的利益，有些人甚至准备好了讨价还价，但最终，满清朝廷让他们彻底失望，朝廷没有资源来保证他们的利益，北京的满洲亲贵们也不在乎这些奴才的利益。
几乎在同一时间，沿海五省的迁界禁海接连展开，八旗与外省绿营兵骑马量地，确定二十里到五十里的界线，插旗立桩，告曰三日迁徙，不从者斩！
这般铁血无情的暴政让沿海绅民颇为不解，百姓尚且不说，他们观望本地士绅而行，士绅却是万分不解，前段时日沿海满天飞的报纸上宣传迁界暴政，上曰三日迁徙，不从则斩，无论草民士绅，一同视之，士绅们还以为是合众国在造谣，抹黑大清朝廷，却不曾想，事实比报纸上所说还要残酷。
在沿海五省，除却辽东之外，四省之地到处都掀起了杀戮，时间一到，清军杀至，凡在界外者一律斩杀，丝毫不留情面，清军在界外杀人放火，抢掠民财，界外百姓只得三日期限，满清朝廷不给银钱米粮安置，百姓只得背起米粮锅具，携妻带子，逃往内地，避免被杀，眼见迁界真如报纸所言一般残酷，便是士绅也要尽弃田亩宅院和祖宗陵寝，当即便是惹出了大乱子，各地造反纷纷涌荡。
界外之民，迁延者被杀、逃离者被杀，携有重宝者亦被杀，而惧怕清军而顺意迁徙者，飘零日久养无生计，父子夫妻相弃，痛哭分携，内地城市，多兴人市，斗米一子，百钱易女，豪族商民不损锱铢便可得全家为奴，为求生计，丁壮为奴，女子为婢，老弱辗转流离，不得活路，或倒毙路边，或投尸河中。有司官衙视为蝼蚁，无安插之恩，亲戚宗族视之为泥沙，全无周全之谊，不甘为奴就死者挺身为盗，聚拢反抗，而失地失亲之士绅亦参与其中，组织斡旋，豪强一方。
自古封建王朝最惧怕的并非农民起义，农民起义虽然声势浩大，但起义军往往组织能力低下内斗不断，可以轻易被剿灭，封建王朝最惧怕的是士绅地主造反，这些人不缺资源也不缺知识，在其家乡声望兴隆，往往一呼百应，雄霸一方。
而对于沿海士绅而言，当初投降满清是因为满清能为其提供安定的环境，纵然忍受剃发易服的屈辱，但面对实利诱惑和强兵威逼，仍然难以拒绝，但此番迁界禁海，完全是绝户计，空士绅田亩，毁地主宅院，子嗣宗族无以繁衍，祖宗陵寝不得安宁，已